Если span имеет “0” то скрываем li, если все li скрыты то скрываем div.
ВАРИАНТ 1

Работает для одного блока, для каждого блока пишем свой код.

const
  $el = $('[data-css-class="woof_container_pa_zvet"]'),
  $li = $el.find('ul.woof_list_checkbox > li'),
  $liZero = $li.has('.woof_checkbox_count:contains("(0)")');
($li.length === $liZero.length ? $el : $liZero).hide();

Этот код оставляет заголовки

const
  $el2 = $('.woof_container'),
  $li2 = $el2.find('ul.woof_list > li'),
  $li2Zero = $li2.has('span:contains("(0)")');
($li2.length === $li2Zero.length ? $el2 : $li2Zero).hide();
Все эти блоки обернуты div class="woof_redraw_zone"


<div data-css-class="woof_container_pa_zvet" class="woof_container woof_container_checkbox woof_container_pa_zvet woof_container_3 woof_container_">
<!-- ##  скрыть это если везде ноли. , класс этого дива у всех блоков одинаковый, отличие только по  <b>data-css-class</b>   ## --> 
            <div class="woof_container_overlay_item"></div>
            <div class="woof_container_inner woof_container_inner_"><!-- ##   или это   ## --> 
        <h4>  Цвет  </h4>
                  <div class="woof_block_html_items">
                            <ul class="woof_list woof_list_checkbox"> 
<!-- ##   имеем неопределенное количество li - _76 _77 _78 и т.д.   ## --> 
                                   <li class="woof_term_76 ">
                                         <div class="icheckbox_flat-aero disabled" >
                                                 <input type="checkbox" disabled="" id="woof_76_5d9500e8515f1" class="woof_checkbox_term woof_checkbox_term_76" data-tax="pa_цвет" name="красный" data-term-id="76" value="76" >
                                                  <ins class="iCheck-helper" ></ins>
                                          </div>
                                                  <label class="woof_checkbox_label " for="woof_76_5d9500e8515f1">красный
<!-- ##   если здесь ноль  то скрыть  li class="woof_term_76 " ## --> <span class="woof_checkbox_count">(0)</span>
                                                   </label>
               <input type="hidden" value="красный" data-anchor="woof_n_pa_цвет_красный">
                                 </li>
<!-- ##   имеем неопределенное количество li - _76 _77 _78 и т.д.   ## -->                   
                                  <li class="woof_term_75 ">
                                       <div class="icheckbox_flat-aero disabled" >
                                             <input type="checkbox" disabled="" id="woof_75_5d9500e852267" class="woof_checkbox_term woof_checkbox_term_75" data-tax="pa_цвет" name="черный" data-term-id="75" value="75" >
                                              <ins class="iCheck-helper" ></ins>
                                      </div>
                                               <label class="woof_checkbox_label " for="woof_75_5d9500e852267">черный
<!-- ##   если здесь ноль  то скрыть  li class="woof_term_75 " ## --> <span class="woof_checkbox_count">(0)</span>
                                                </label>
                                                   <input type="hidden" value="черный" data-anchor="woof_n_pa_цвет_черный">
                                    </li>
                              </ul>
                        </div>
              <input type="hidden" name="woof_t_pa_цвет" value="Товар Цвет"> 
            </div>
        </div>
<!-- ##  ВТОРОЙ БЛОК ВЕС    ## --> 
<div data-css-class="woof_container_pa_ves" class="woof_container woof_container_radio woof_container_pa_ves woof_container_2 woof_container_">
            <div class="woof_container_overlay_item"></div>
            <div class="woof_container_inner woof_container_inner_">
                                            <h4>   Вес    </h4>
                              <div class="woof_block_html_items">
       <ul class="woof_list woof_list_radio">
                                        <li class="woof_term_52 ">
                <div class="iradio_flat-blue" >
                        <input type="radio" id="woof_52_5d9cc8d79c667" class="woof_radio_term woof_radio_term_52" data-slug="100g" data-term-id="52" name="pa_ves" value="52" >
         <ins class="iCheck-helper" ></ins>
</div>
<label class="woof_radio_label " for="woof_52_5d9cc8d79c667">100 г
<span class="woof_radio_count">(1)</span>
</label> 
 <input type="hidden" value="100 г" data-anchor="woof_n_pa_ves_100g">
     </li>
     <li class="woof_term_53 ">
                <div class="iradio_flat-blue" ><input type="radio" id="woof_53_5d9cc8d79cf02" class="woof_radio_term woof_radio_term_53" data-slug="25g" data-term-id="53" name="pa_ves" value="53" ><ins class="iCheck-helper" ></ins></div>
<label class="woof_radio_label " for="woof_53_5d9cc8d79cf02">25 г
<span class="woof_radio_count">(1)</span>
</label>
     <input type="hidden" value="25 г" data-anchor="woof_n_pa_ves_25g">
   </li>
  <li class="woof_term_81 ">
                <div class="iradio_flat-blue disabled" >
<input type="radio" disabled="" id="woof_81_5d9cc8d79ed34" class="woof_radio_term woof_radio_term_81" ><ins class="iCheck-helper" ></ins>
</div>
<label class="woof_radio_label " >50 g<span class="woof_radio_count">(0)</span></label>
            <input type="hidden" value="50 g" data-anchor="woof_n_pa_ves_50-g">
            </li>
            </ul>
    </div>
                <input type="hidden" name="woof_t_pa_ves" value="Товар Вес">   </div>
        </div>

ВАРИАНТ 2

Не работает в хром 42

// Перебираем контейнеры
$('.woof_container:not(.woof_container_product_cat, .woof_price_filter)').each(function() {
    let self = $(this);
    // Перебираем span контейнера
    self.find('span').each(function() {
        let self = $(this);
        // Если значение внутри span равно 0, то удаляем его родителя li
        if (parseInt(self.html().replace(/[^0-9]+/g, '')) == 0) {
            self.closest('li').remove();
        }
    });
    // Если после проверки всех span они все были удалены, то удаляем контейнер
    if (self.find('span').length === 0) {
        self.remove();
    }
});